問い合わせフォームから受信したメールに返信すると自社アドレス宛になるのはなぜですか？

元メールのFromアドレスが自社アドレスになっているためです。
お客様アドレス宛に返信できるようにするには、フォーム側でToとFromを逆にしてもらうか、Reply-toにToのアドレスが入るように設定してください。