返信メール作成時のポップアップウィンドウのサイズは変更できますか？

はい、調整可能です。

返信画面のポップアップウィンドウは「前回開いた時のサイズを記憶」して
おりますので、表示してほしいサイズに変更してみてください。

尚、サイズの記憶には条件があります。
サイズを記憶するのは、以下の単位です。

「ユーザ毎」かつ「メールボックスごと」かつ「端末（ブラウザ）」ごとです。
端末が記憶している「Cookie」を元に識別する為、キャッシュをクリアにした
場合はサイズもリセットされますのでご注意下さい。