テンプレートの「階層表示」のチェックを常時外すことはできますか？

はい、可能です。

設定については下記をご参照ください。
尚、この設定はユーザ様毎に行って頂く「個人設定」です。

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■設定手順■
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[1]画面右上の「〇〇さん」をクリックし、吹き出しの「個人設定」をクリックする
[2]左メニュー「メール作成画面」をクリックする
[3]「テンプレート表示方式」欄の「階層表示にする」からチェックを外す
[4]「変更」をクリックする
[5]変更完了
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