メールIDはどのようなルールで割り当てられるのですか？

メールIDは【●親番号●－◇枝番号◇】という形で付与されています。

■親番号とは
利用しているメールディーラーサーバーでメールを受信した順番で番号。

■枝番号とは
同じ親番号のメールに対して、はやり取りした回数。

例）
メールを受信し、メールID[200-1]が付与される。
そのメールに対して返信（送信メール）し、[200-2]というIDが付与される。
メールを受け取った相手がメールを返信してくると、
その返信されてきたメールには[200-3]が付与される。　

メールIDの採番方法は複数あります。
下記を参考にして、希望の方法をご選択ください。

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■枝番号の紐づけに関する設定■
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[1]画面右上の歯車マーク＞「管理設定」をクリック
[2]タブメニュー「詳細設定」を開く
[3]「メールボックスの詳細設定」を開いて「基本設定」をクリック
[4]「メールID採番方法」を選択(※)
[5]「変更」をクリックする
[6]変更完了
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※「メールID採番方法」には3つから選択します。

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◆メールヘッダ情報が一致する
受信メールのメールヘッダ内の「In-Reply-To」または「References」のいずれかが
元メールの「Message-ID」と一致した場合に関連付け(注)

⇒件名にメールIDを付けず送受信し、メールを関連付けたいときにおすすめです。
　
◆件名のメールIDが一致する
受信メールの件名のメールIDが一致した場合に関連付け

◆件名のメールID、ヘッダ情報の両方が一致する
受信メールのメールヘッダ内の「In-Reply-To」または「References」のいずれかが
元メールの「Message-ID」と一致する、
かつ、受信メールの件名のメールIDが一致した場合に関連付け（注）
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(注)　「件名のメールID、ヘッダ情報の両方が一致する」を選択した場合
携帯電話やグループウェア等の一部のシステムでは、元メールのMessage-IDを
「In-Reply-to」または「References」に入れない動きをするものがあります。
その場合、メールIDは紐付きません。