返信メールが関連メールに表示されずメールIDも変わっていますが、なぜですか？

まず、御社のメールＩＤの採番方法を下記手順で確認してください。

【1】画面右上歯車アイコン＞「管理設定」をクリック
【2】「詳細設定」タブ＞「基本設定」＞件名欄「メールID採番方法」をクリック

「メールID採番方法」が「件名のメールIDが一致する」だった場合は件名に記載されているメールＩＤ、「メールヘッダ情報が一致する」だった場合はメールのヘッダ情報でメールＩＤを採番しています。
　　※メールヘッダ情報とは、メール作成から宛先に届くまでの一連の処理を記録した情報です。

メールＩＤが変わっている場合、「メールID採番方法」では件名のメールＩＤの不一致が原因でございます。
「メールヘッダ情報が一致する」では、メールヘッダ情報の
「In-Reply-To」「References」のいずれかが、「Message-id」と一致するかを判定します。
携帯電話やグループウェア等の一部の送受信メールは、関連付けできない可能性がありますのでご了承ください。