LINE応対もメール蓄積数にカウントされますか？

はい、LINE応対もメール蓄積数にカウントされます。
ただし、メールとは違い、1スレッドに対して蓄積カウントは「1」となりますので、同スレッド内（1顧客のLINEアカウント内）であれば、何回メッセージをやり取りしても蓄積数は「1」でカウントされます。