テンプレートをインポートする際、テンプレートグループごとにインポートすることはできますか？

はい、テンプレートグループごとにインポートすることはできます。

ただし、「テンプレートグループ」はインポートによって新規登録ができませんので、
事前にテンプレートグループを登録していただく必要がございます。

事前にテンプレートグループを登録の上、
下記操作にてテンプレートグループごとのインポート作業を行ってください。

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■設定方法■
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[1]画面右上歯車アイコン＞管理設定をクリック
[2]タブメニュー「詳細設定」をクリック
[3]「テンプレートのインポート」　をクリック
[4]「ファイルを選択」をクリック
[5]インポートするテンプレートデータの CSV ファイルを選択し、「開く」をクリック
[6]「次へ」をクリック
[7]インポートするテンプレートグループを選択する
[8]インポートするテンプレートファイルの 1 行目と、左側に表示される項目名のプルダウンを突き合わせる
[9]インポート実行」をクリック

詳細はこちらのマニュアルをご参照ください。

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※「テンプレートのインポート」という権限が付与されていないユーザは 　メニューが表示されず上記操作ができませんので、権限を付与していただくか、 　権限付与をすることができる管理者様にご相談ください。