受信・送信したメールに対しても、後から振り分けルールを適用できますか？

はい、可能です。
「再振り分け」をしていただければ、後から振り分け条件を適用することができます。

再振り分けについては下記をご参照ください。

6. 振り分けの設定＞6.5 再度振り分けルールを適用する
https://support.maildealer.jp/config/basic/

【注意】
再振り分けでは、以下のアクションは実行できません。
ルートフォルダに移動 / 迷惑メールフォルダに移動 / ゴミ箱に移動 /
ゴミ箱メールの削除 /自動転送先アドレスに転送 / 顧客情報の自動登録