フォルダを指定してメールをインポートすることはできますか？

はい、可能です。

インポートの際に、「状態／フォルダを指定してインポートする方法」か
「振り分けルールを適用してインポートする方法」の2通りから選択できます。
フォルダを指定してインポートしたい場合には、「状態／フォルダを指定する」をご選択ください。

インポートの操作手順は下記の通りです。

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■操作手順■
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[1]画面右上の「管理設定」＞「管理設定」をクリックする
[2]タブメニュー「詳細設定」を開く
[3]「メールデータの入出力」をクリックする
[4]「メールデータのインポート」をクリックする
[5]「インポート方法」で「状態／フォルダを指定する」を選択する
[6]「インポート実行」をクリックする
[7]インポート完了
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※「メール状態」で「指定なし」を選択した場合、受信メールは「対応完了」、
　 送信メールは「送信メール」としてインポートされます。