メールデータをインポートした時に、 振り分け設定を適用させることはできますか？

はい、メールデータのインポート時に、振り分け設定を適用することは可能です。

インポート方法は以下2通りございます。
・状態／フォルダを指定する
・振り分けルールを適用する

振り分け設定を適用してインポートしたい場合には、「振り分けルールを適用する」をご選択ください。
インポートの操作手順は下記の通りです。

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■操作手順■
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[1]画面右上の「歯車アイコン」＞「管理設定」をクリックする
[2]タブメニュー「詳細設定」を開く
[3]「メールデータの入出力」をクリックする
[4]「メールデータのインポート」をクリックする
[5]「インポート方法」で「振り分けルールを適用する」を選択する
[6]「インポート実行」をクリックする
[7]インポート完了

※インポート時のファイル容量の上限は100MBです。
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※振り分けルールに一致しなかった受信メール、及び、合致した振り分け条件の
　振り分けアクションで「メール状態」を「指定なし」にしていた場合
　「対応完了」としてインポートされますので、ご注意下さい。
※メールボックスアドレスと、インポートするメールデータのFromアドレスが一致した場合のみ「送信メール」としてインポートされます。
　メールボックスアドレス：管理設定＞メールボックスの基本設定＞基本設定　メールボックスアドレス欄のアドレス

▼サポートサイト
　詳細設定「目次　6.1.メールデータのインポート」
　https://support.maildealer.jp/config/detail/