メールデータをインポートした時に、 振り分け設定を適用させることはできますか？

はい、適応可能です。

インポートする時に「振り分けルールを適用する」か「指定したフォルダに振り分ける」かを選択することが可能です。
振り分けルールを適用させたい場合は、必ず「振り分けルールを適用する」をご選択下さい。

インポートの操作手順は下記の通りです。

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■操作手順■
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[1]画面右上の「管理設定」＞「管理設定」をクリックする
[2]タブメニュー「詳細設定」を開く
[3]「メールデータの入出力」をクリックする
[4]「メールデータのインポート」をクリックする
[5]「インポート方法」で「振り分けルールを適用する」を選択する
[6]「インポート実行」をクリックする
[7]インポート完了
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※振り分けルールに一致しなかった受信メールは「対応完了」として
　インポートされますので、ご注意下さい。