Yahoo!ショッピングのメッセージ応対はメール蓄積数にカウントされますか？

はい、Yahoo!ショッピングのメッセージ応対はメール蓄積数にカウントされます。
メッセージ対応の場合、「吹き出しのメッセージ」ごとではなく、「スレッド（1つの問い合わせ）」ごとにメールIDが発行されます。そのため、1つの問い合わせ内で何度メッセージをやり取りしてもスレッドが同一の場合は蓄積数は「1」でカウントされます。
ただし、一度問い合わせが完了後、同一の顧客から再度問い合わせを受けた場合、別スレッドとなり
メールIDも新しく採番されるため、メール蓄積数のカウントは「2」となります。