楽天R-Messe・Yahoo!ショッピングのメッセージ応対でもテンプレートは利用できますか？

はい、楽天・Yahoo!のメッセージ応対でもテンプレートの利用は可能です。
利用方法は下記マニュアルにある、メッセージへの返信方法をご参照ください。

▼メッセージを見る/送る《目次：4.2.メッセージに返信する/5.2.メッセージに返信する》
https://support.maildealer.jp/user/message/

※メールと同じテンプレートを利用することが可能です。
※メッセージ応対ではメール同様に振り分け設定で受信時に
　テンプレートをあらかじめ指定することはできないため、
　返信時に選択の上ご利用いただく必要がございます。