お客様とやり取りが終わった時に、一括で全ての関連メールを対応完了にできますか？

はい、可能です。

●メール本文閲覧画面から変更

「関連メール」欄の左下にあるボタン「関連メールを対応完了にする」をクリックすると、
一括で変更することができます。

●メール返信時に一括変更

返信メール作成画面で、「送信確認」ボタンのすぐ上
"関連メールを「対応完了」にする"　にチェックを付けた状態でメールを送信すと、
送信後に関連メールが全て「対応完了」に変更されます。

※以下の状態・種別のメールは一括変更対象外です。

・迷惑メール
・ゴミ箱のメール
・送信メール
・転送メール
・回答メール
・メールボックス移動をしたメール
・保管メール
・承認待ち
・非承認 返却