POP受信を行ったメールも「ウィルス＆迷惑メール対策サービス (Active!Hunter)」は有効ですか？

いいえ、無効となります。

オプションの「ウィルス＆迷惑メール対策サービス(Active!Hunter)」を利用する場合は、
「Active!Hunter」を経由してから受信する必要があります。
オプションをご利用になる場合は、必ず転送設定でメールを受信して下さい。