メッセージ応対でメールディーラーから返信した内容は楽天R-Messeの管理画面に反映されますか？

はい、メッセージ応対でメールディーラーから返信した内容は楽天R-Messeの管理画面に反映されます。
ただし、楽天R-Messeの管理画面から返信した内容はメールディーラーに反映されません。