メッセージ応対で返信後に楽天側のステータスを完了にすることはできますか？

はい、メッセージ応対で返信後に楽天側のステータスを完了にすることは可能です。

メールディーラー上でメッセージを開いていただき、「楽天R-Messe」の『完了』ボタンをクリックすることで、楽天R-Messe側のステータスを「完了」にすることができます。

※メールディーラー上でメッセージ応対の「状態」（ステータス）を「対応完了」にしただけでは、
　楽天R-Messe側のステータスには反映されません。