保護されたメールだけを絞り込みして検索することはできますか？

はい、保護されたメールだけを絞り込みして検索することは可能です。
下記手順をご確認下さい。
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■検索手順■
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[1]画面上部にある検索バー右横の「▼」（詳細検索）をクリック
[2]「＋検索条件を追加」をクリック
[3]「その他」の項目にある「保護メール」にチェックを入れる
[4]「検索」をクリック
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上記手順で検索をすると、保護されているメールだけに絞り込んで検索結果を表示させることが可能です。