添付ファイルのみを削除することはできますか？

はい、可能です。
添付ファイルは、メール本文閲覧画面もしくはメール電話検索画面から削除することができます。
削除方法は下記をご覧ください。
※削除したファイルは復旧できませんのでご注意ください。
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◆メール本文一覧画面から削除する場合
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[1]メール本文を開く
[2]画面下にある【添付ファイル】を確認する
[3]削除したい添付ファイルにチェックを入れる
[4]“チェックをつけた添付ファイルを 「削除する」”をクリックする
[5]削除完了
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◆メール電話検索から削除する場合
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[1]「詳細検索」を開く
[2]添付ファイル欄「添付あり」にチェックを入れて検索を実行する
[3]添付ファイルを削除したいメールを選択する（チェックを入れる）
[4]「添付ファイルの操作」にて削除を実行する
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また、指定した期間を経過したメールの
添付ファイルを自動で削除することも可能です。
※添付ファイルセキュリティオプション（有料）へのお申し込みが必要。
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◆自動で削除する場合（有料オプション）
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[1]画面右上の「管理設定≫管理設定≫詳細設定」を開く
[2]「メールボックスの詳細設定≫削除の設定」を開く
[3]「添付ファイルの自動削除期限」を設定
[4]「変更」をクリック
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オプションについてはこちらをご確認下さい。
※添付ファイルが削除されたメールには、「削除済み」として
添付ファイルの削除履歴が表示されます。