保管メールを手動で削除することはできますか？

はい、保管メールを手動で削除することは可能です。
削除の手順は以下の通りです。
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■「保管メール」の削除方法■
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[1]画面上部にある検索バー右横の「▼」（詳細検索）をクリックする
[2]「＋検索条件を追加」をクリック
[3]絞り込み条件を指定して「検索範囲：保管メールも含む」にチェックを入れる
[4]「検索」をクリックする
[5]検索結果を確認する
[6]削除したい保管メールにチェックを入れる
[7]画面下部にある「ゴミ箱に移動」をクリックする
[8]完了
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