フォルダ別で自動削除を設定する機能はありますか？

はい、あります。

最大50件まで、フォルダ毎に削除期間を指定することが可能です。
設定方法は下記の通りです。

━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
■自動削除期間の設定方法■
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
[1]画面右上の歯車マーク＞「管理設定」をクリックする
[2]タブメニュー「詳細設定」を開く
[3]「メールボックスの詳細設定」をクリックする
[4]「削除の設定」をクリックする
[5]「メール自動削除」のフォルダ一覧を確認する
[6]削除期間を指定したいフォルダの「保存期間」をプルダウンメニューで選択する
[7]「変更」をクリックする
[8]設定完了

※親フォルダを指定しても、直下にある子および孫フォルダ内のメールは自動削除されません。
※保存期間を「無期限」にしたフォルダ内のメールは自動的には削除されません。
　ライトプランをご契約の場合、課金対象メール通数が増加する可能性がございますので
　ご注意ください。
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━