削除されたユーザも集計対象に含むことはできますか？

いいえ、できません。
レポート機能では、削除されたユーザは除外する仕様となっています。

使用しないユーザも集計対象に含めたい場合は、ユーザを削除せずに、
無効化していただければ、集計する対象に含める事が可能です。

無効化の方法は下記をご参照ください。

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■設定手順■
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[1]画面右上の「管理設定」＞「ユーザ設定」＞「ユーザの設定」を開く
[2]無効化したいユーザ名にチェックを入れる
[3]画面下にある操作パネルで「無効にする」をクリック
[4]無効化完了
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