メールディーラーの設定で、転送元メールサーバのメールを削除することはできますか？

いいえ、できません。

ただし、メールディーラーで「POP受信」または「APOP受信」を利用して受信している場合、
メールディーラーで受信したメールを、受信のタイミングでメールサーバ上から削除することは可能です。