メールディーラーの設定で、転送元メールサーバのメールを削除することはできますか？

いいえ、メールディーラーで、転送元メールサーバのメールを削除することはできません。
ただし、「POP受信」または「IMAP受信」を利用して受信している場合、メールディーラーで受信したメールを、受信のタイミングでメールサーバ上から削除することは可能です。