メールを返信したら、そのタイミングで過去の関連メールを全て対応完了にできますか？

はい、可能です。

返信メール作成画面で、「送信確認」ボタンのすぐ上
"関連メールを「対応完了」にする"　にチェックを付けた状態でメールを送信すと、
送信後に関連メールが全て「対応完了」に変更されます。

また、メール本文閲覧画面上の、「関連メール」の欄からも一括で「対応完了」に変更可能です。